Les titulacions impartides a l’IBEI depenen d’un Sistema de Garantia Intern de Qualitat (SGIQ), el responsable últim és el Consell Científic de l’Institut, que valora la satisfacció dels alumnes i el funcionament global dels programes, així com de la qualitat del centre, per tal de garantir la millora continua dels màsters i informar posteriorment al màxim òrgan de govern de la institució, el patronat.

El citat Consell realitza un seguiment diari de la qualitat mitjançant la Comissió de Qualitat Docent, que és l’organisme responsable de gestionar i realitzar el seguiment del Sistema de Garantia Intern de Qualitat de l'Institut.