Las titulaciones impartidas en el IBEI dependen de un Sistema de Garantía Interno de Calidad (SGIC), el responsable último es el Consejo Científico del Instituto, que valora la satisfacción de los alumnos y el funcionamiento global de los programas para garantizar la mejora continua de los másters e informar posteriormente al máximo órgano de gobierno de la institución, el patronato.

El citado Consejo realiza un seguimiento diario de la calidad de los másters, mediante la Comisión de Calidad Docente, que es el organismo responsable de gestionar y realizar el seguimiento del Sistema de Garantía Interno de Calidad de los programas formativos de postgrado del Instituto.