El Patronato, la Comisión Permanente, el Presidente y el Director son los órganos de gobierno que administran, gestionan y representan el IBEI de acuerdo con el reparto de competencias que se regulan en los Estatutos de la Fundación.

Por otra parte, corresponde al Consejo Científico garantizar y hacer el seguimiento de todas aquellas cuestiones relacionadas con la excelencia académica de las actividades del Instituto.