El Consejo Científico regulado por los Estatutos de la Fundación tiene como competencias los temas académicos relacionados con la actividad del IBEI como pueden ser el programa detallado, la normativa necesaria, la puesta en marcha de nuevos programas, entre otras. Por ello están representadas únicamente las universidades patronas del IBEI. 

La composición del Consejo Científico es la siguiente: 

PRESIDENTE

Jacint Jordana,
Director, IBEI
Catedrático, Universitat Pompeu Fabra

VOCALES

Esther Barbé,
Investigadora Asociada Senior, IBEI
Catedrática, Universitat Autònoma de Barcelona

Ana Sofia Cardenal,
Profesora, Universitat Oberta de Catalunya

Laura Chaqués Bonafont,
Investigadora Asociada Senior, IBEI
Catedrática, Universitat de Barcelona

Juan Díez Medrano,
Investigador Senior, IBEI
Catedrático, Universidad Carlos III Madrid

Caterina Garcia,
Catedrática, Universitat Pompeu Fabra

Jean Grugel,
Profesora de investigación, IBEI
Catedrática, University of York

Matthias vom Hau,
Coordinador de Investigación y Profesor agregado, IBEI

Robert Kissack,
Jefe de Estudios y Profesor agregado, IBEI

Xavier Pons Rafols,
Decano de la Facultad de Derecho, Universitat de Barcelona

Lourdes Reig Puig,
Vicerrectora de Política Internacional, Universitat Politècnica de Catalunya

Martin Shaw,
Profesor de investigación, IBEI
Profesor emérito, University of Sussex