El Patronat, la Comissió Permanent, el President i el Director són els òrgans de govern que administren, gestionen i representen l'IBEI d'acord amb el repartiment de competències que es regulen als Estatuts de la Fundació.

D'altra banda, correspon al Consell Científic garantir tot el que es relacioni amb l'excel·lència acadèmica de les activitats de l'Institut i fer-ne el seguiment.